No es un problema de la hostia, no te preocupes.
¿Tienes trampas cromáticas? Esas cartulinas generalmente amarillas con algún adhesivo atrayente que se ponen para que las moscas se posen y queden pegadas. Te ayudaría a controlar la población y sobretodo a identificar el bicho si te preocupase.
Puedes probar con algún repelente. Yo he estado usando Alliumprot de Prot Eco (producto natural a base de ajo) y me han desparecido. Tanto en mi primer cultivo de interior como en el segundo he tenido moscas volando al principio pero, entre aplicación foliar y aplicación foliar, fueron desapareciendo.
Productos de ese tipo, además, contienen elementos fitofortificantes que ayudarán a tus plantas y te servirán de preventivo.