Que tal Juanjo, como estas.
En primera instancia cuando vi las primeras fotos que pusiste, pensé que se trataba de carencias de nutrientes, sobre todo de Ca. Ahora con lo que me cuentas, estoy prácticamente convencido.
El sustrato que estas usando, según el fabricante tiene suficiente comida para 2 semanas.
El agua de lluvia, no contiene sales minerales que si se encuentran en otras aguas y que son sumamente importantes para las plantas.
El lavado de raíces con agua de lluvia, sumado al tiempo que las plantas han estado en la maceta, para mi entender ha dejado el sustrato sin comida.
Lo que yo haría en tu lugar, si usas agua de lluvia para regar, es ir a un grow shop a comprar un producto para prepararla.
Estos productos: Cal Max (Grotek), Sensi Cal (Advanced Nutients) o Cal Green (Metrop), entre otros, están diseñados para aportar los minerales básicos (Ca, Mg y Fe) que le faltan al agua de lluvia, tanto como al agua desmineralizada o las tratadas con filtros de osmosis.
La idea es subir la EC a 0.5, 0.6 del agua de lluvia y luego añadir un fertilizante completo a la mezcla. Yo cuando cultivo en tierra suelo regar con fertilizante riego por medio, pero el producto para preparar el agua tiene que ser añadido en todos los riegos, no solo cuando vallas a fertilizar.
Yo creo que luego e un par de riegos notaras como la planta mejora sustancialmente.
De todas formas te comento, que yo por supuesto, no tengo ninguna verdad absoluta, pero en mi parecer este es el problema que esta teniendo tu planta.
Saludos, espero que esto te sirva de ayuda.
pd: Aqui te dejo una foto con una gran carencia de Ca como ejemplo.